Em 25 de abril de 1959 os médicos lhe diagnosticaram broncopneumonia complicada com pleurisia, o que o obrigou a um repouso absoluto. Ele sofria com isto, por ver-se privado de exercer seu ministério para o bem das almas.
Nesse mesmo dia, chegou à Itália a imagem de Nossa Senhora de Fátima. Em San Giovanni Rotondo, ela foi recebida pelo Arcebispo e todo o clero da região, junto com uma multidão de fiéis.
O Pe. Pio lhes havia dito: “Abramos nossos corações à confiança e à esperança. Nossa Senhora vem com as mãos cheias de graças e bênçãos. Devemos amar nossa Mãe celestial com perseverança, e Ela não nos abandonará na dor quando partir daqui”.
Movendo-se em cadeira de rodas, o Santo tinha podido oscular os pés da imagem sagrada e colocar um Rosário entre suas mãos. Naquela tarde, ela partiu de helicóptero do terraço do hospital, com destino à Sicília, dando três voltas em torno do convento, para uma última bênção à multidão reunida na praça.
Postado numa janela, o Pe. Pio olhava tudo e, não podendo conter-se, exclamou:
— Senhora! Minha Mãe, estou enfermo desde o dia de vossa chegada à Itália… Vós partis agora e me deixais assim!?
No mesmo instante sentiu um “calafrio nos ossos” e disse a seus irmãos presentes:
— Estou curado!
E estava mesmo. No dia 10 de agosto pôde celebrar Missa novamente, e declarou: “Estou são e forte como nunca antes em minha vida”.
